アーマードミュウツーは通常のミュウツーと同じ扱いです。
そのため、アーマードミュウツーを捕獲するとミュウツーの捕獲数が増えます。
また、まだミュウツーを所持していないトレーナーがアーマードミュウツーを捕獲すると、ミュウツーの図鑑が新規で登録されることになります。

現時点では記念品と同様の扱い、サングラスのゼニガメ、ピカチュウと同じ花飾りイーブイ・ピカチュウなどと同じ扱いです。